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| Registros recuperados : 200 | |
| 1. |  | FERREIRA, L. G.; DUSI, D. M. de A.; IRSIGLER, A. S. T.; GOMES, A. C. M. M.; FLORENTINO, L. H.; MENDES, M. A.; COLOMBO, L.; CARNEIRO, V. T. de C. Identification of IPT9 in Brachiaria brizantha (syn. Urochloa brizantha) and expression analyses during ovule development in sexual and apomictic plants. Molecular Biology Reports, v. 50, p. 4887-4897, 2023. Na publicação: Diva M. A. Dusi; Vera T. C. Carneiro.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 3. | | FERREIRA, L. G.; DUSI, D. M. de A.; IRSIGLER, A. S. T.; GOMES, A. C. M. M.; MENDES, M. A.; CARNEIRO, V. T. de C. GID1 expression is associated with ovule development of sexual and apomictic plants. Plant Cell Reports, v. 37, n. 2, p. 293-306, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | SILVA, M. L. da; BENITO, N. P.; SANCHES, M. M.; MARQUES, A. S. dos A.; NÁVIA, D.; GONZAGA, V.; MENDES, M. A. S.; MARTINS, O. M.; URBEN, A. F.; FERNANDES, F. R. Interceptações de pragas quarentenárias e ausentes não regulamentadas em material vegetal importado. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília v. 51, n. 5, p. 494-501, maio 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | SILVA, M. L. da; BENITO, N. P.; SANCHES, M. M.; MARQUES, A. S. dos A.; NÁVIA, D.; GONZAGA, V.; MENDES, M. A. S.; MARTINS, O. M.; URBEN, A. F.; FERNANDES, F. R. Interceptações de pragas quarentenárias e ausentes não regulamentadas em material vegetal importado. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília v. 51, n. 5, p. 494-501, maio 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Quarentena Vegetal. |
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| 8. | | VIANA, M. C. M.; GONTIJO NETO, M. M.; ALVARENGA, R. C.; ALBERNAZ, W. M.; MENDES, M. A. Cultura do milho na integração lavoura-pecuária-floresta. Jornal Cooperando, Sete Lagoas, ano 44, n. 512, p. 6, ago. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | RODRIGUES, M. A. N.; ARAÚJO, R. C. A.; MENDES, M. A. S.; MELO, L. A. M. P. de; SANCHES, M. M.; ÁVILA, A. C. Base de dados ?Vírus e Viróides Relatados em Plantas no Brasil. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 120. p. 170| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | SOUTO OLIVEIRA, I. C.; SOUSA, R. M. O.; URBEN, A. F.; MENDES, M. A. S. Fungos exóticos interceptados pela Estação Quarentenária Vegetal da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia em 2009 e 2010. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 123. p. 173| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | SOUSA, R. M. O.; SOUTO OLIVEIRA, I. C.; URBEN, A. F.; MENDES, M. A. S. Eficiência da técnica de sílica gel simplificada no armazenamento de fungos fitopatogênicos isolados de espécies vegetais em quarentena de pós-entrada. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 15., 2010, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. Resumo 122. p. 172| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | BENITO, N. P.; MENDES, M. A. S.; FERREIRA, D. N. M.; GONZAGA, V.; MARTINS, O. M.; COSTA, D. da C.; URBEN, A. F.; SILVA, M. L. da; SIMON, M. F. Pragas exóticas interceptadas pela estação quarentenária vegetal da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia em 2009. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. CD-ROM| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | VIANA, M. C. M.; ALBERNAZ, W. M.; PINTO JUNIOR, E. S.; NOCE, M. A.; MENDES, M. A.; PORTUGAL, M. P.; ALVARENGA, R. C. Produção de milho e análise econômica do sistema de integração lavoura-pecuária-floresta, em propriedades de agricultura familiar, na região Central de Minas Gerais. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | SOUSA, R. M. O.; GOMES, B. F.; SOUTO OLIVEIRA, I. C.; ARAÚJO, R. C. A.; URBEN, A. F.; MENDES, M. A. S. Coleção de fungos fitopatogênicos detectados em vegetais no Laboratório de Quarentena Vegetal. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 126. p. 178| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | GOMES, B. F.; SIMÕES, L. G.; GRANDI, R. A. P.; SILVA, P.; MELO, L. A. M. P. de; MENDES, M. A. S. Edição atualizada do livro “Fungos em plantas do Brasil”. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 131. p. 183| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | GONZAGA, V.; FERREIRA, D. N. M.; MAGARELLI, G.; MARTINS, O. M.; OLIVEIRA, M. R. V. de; COSTA, C. D.; MARQUES, A. S. dos A.; MENDES, M. A. S.; URBEN, A. F.; VILACA, R.; BATISTA, M. de F.; POLEZ, V. L. P.; CORDEIRO, L. A. M.; BENITO, N. P.; CARLOS, M. Fitopatógenos interceptados pela Estação Quarentenária de Germoplasma Vegetal da Embrapa em materiais de intercambio no ano de 2008. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, p. S156, 2009. Suplemento. Edição dos Resumos do XLII do Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, RJ, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | MAFFON, H. P.; ARAUJO, A. C. G. de; FARIAS, M. P.; REZENDE, D. V.; MENDES, M. A. S.; URBEN, A. F.; PAZ LIMA, M. L. Fases sexual e assexual Puccinia sp. em folhas de Ipomoea triloba. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 34, p. S175, 2009. Suplemento. Edição dos Resumos do XLII do Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Rio de Janeiro, RJ, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | SOUTO OLIVEIRA, I. C.; RODRIGUES, M. A. N.; GOMES, B. F.; URBEN, A. F.; MENDES, M. A. S. Fungos detectados em sementes de canola procedentes da Austrália. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 133. p. 185| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | SOUSA, R. M. O.; SOUTO OLIVEIRA, I. C.; RODRIGUES, M. A. N.; ARAÚJO, R. C. A.; MENDES, M. A. S.; URBEN, A. F. Fungos relatados em pinhão manso no Brasil e os exóticos potenciais. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 134. p. 186| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 20. | | GIUSTOLIN, T. A.; LOPES, J. R. S.; SILVA, R. B. Q. da; CAVICHIOLI, R. R.; ZANOL, K.; AZEVEDO FILHO, W. S.; MENDES, M. A. Diversidade de hemiptera auchenorrhyncha em citros, café e fragmento de floresta nativa do Estado de São Paulo. Neotropical Entomology, v. 38, n. 6, p. 834-841, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| Registros recuperados : 200 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
01/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
BOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. |
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Afiliação: |
S.A. BOISON, Univ Nat Resources & Life Sci. BOKU; H.H.R. NEVES, UNESP; A.M. PÉREZ O?BRIEN, Univ Nat Resources & Life Sci. BOKU; Y.T. UTSUNOMIYA, UNESP; R. CARVALHEIRO, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; J. SÖLKNER, Univ Nat Resources & Life Sci. BOKU; J. F. GARCIA, UNESP. |
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Título: |
Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 166, p. 176-189, 2014. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.livsci.2014.05.033 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
This study aimed at imputing non(un)-genotyped sires using a stepwise imputation approach that combines identity by descent (IBD) detection methods with other imputation algorithms. We also studied the effect of using actual or imputed genotypes of non-genotyped sires in estimating genomic relationships. Simulations and real data were used for the analysis. Fifty sire families were simulated and 23 sire families were derived from 995 Brazilian Nellore cattle genotyped with Illumina® Bovine HD (777,962 SNPs) SNP Chip. Un-genotyped sires were imputed using genotype information from progeny (5 or 10); progeny and grand offspring; a combination of progeny, mates of genotyped progeny and grand offspring; and the entire genotyped population. Stepwise imputation was done with an IBD detection method that uses simple inheritance rules (MERLIN) as a first step and subsequently with FImpute, MaCH or BEAGLE as the second step to infer genotypes that were not imputed unambiguously by MERLIN. The stepwise imputation procedure was compared to an approach that ignores the first step (MERLIN) but uses only prior pedigree information to impute non-genotyped animals. Imputation accuracy was assessed as percent of correctly called genotypes and the correlation between imputed and actual genotypes (in brackets). With real data, imputation accuracy ranged from 81.6% (0.856) to 97.4% (0.981) depending on the amount of genotyped information considered for the first step (MERLIN) and imputation algorithms used for the second step. Greater accuracies of imputing non-genotyped sires were obtained when the stepwise imputation approach was used with 10 genotyped offspring as the first step. The stepwise approach resulted in an increase of 1.2% (5 offsprings) and 4.7% (10 offsprings) in imputation accuracy. MaCH was more accurate in the second step, followed by FImpute then BEAGLE. Similar trends in imputation accuracy were observed for the simulated population. Generally, imputed genotypes were successfully used to estimate genomic relationships among close relatives but considerable bias was observed for true pairwise relationships of zero. In conclusion, high imputation accuracies can be achieved for non-genotyped animals when genotype information of 5 or 10 direct progeny is available for imputation. Performing preliminary IBD analysis and using non-ambiguous genotypes from that analysis in conventional imputation increased the imputation accuracy considerably. MenosThis study aimed at imputing non(un)-genotyped sires using a stepwise imputation approach that combines identity by descent (IBD) detection methods with other imputation algorithms. We also studied the effect of using actual or imputed genotypes of non-genotyped sires in estimating genomic relationships. Simulations and real data were used for the analysis. Fifty sire families were simulated and 23 sire families were derived from 995 Brazilian Nellore cattle genotyped with Illumina® Bovine HD (777,962 SNPs) SNP Chip. Un-genotyped sires were imputed using genotype information from progeny (5 or 10); progeny and grand offspring; a combination of progeny, mates of genotyped progeny and grand offspring; and the entire genotyped population. Stepwise imputation was done with an IBD detection method that uses simple inheritance rules (MERLIN) as a first step and subsequently with FImpute, MaCH or BEAGLE as the second step to infer genotypes that were not imputed unambiguously by MERLIN. The stepwise imputation procedure was compared to an approach that ignores the first step (MERLIN) but uses only prior pedigree information to impute non-genotyped animals. Imputation accuracy was assessed as percent of correctly called genotypes and the correlation between imputed and actual genotypes (in brackets). With real data, imputation accuracy ranged from 81.6% (0.856) to 97.4% (0.981) depending on the amount of genotyped information considered for the first step (MERLIN) and imputation alg... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
FImpute; Imputation; MaCH; MERLIN; Non(un)-genotyped. |
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Thesaurus NAL: |
Beagle. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03319naa a2200289 a 4500
001 2001135
005 2024-02-05
008 2014 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.livsci.2014.05.033$2DOI
100 1 $aBOISON, S. A.
245 $aImputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed.$h[electronic resource]
260 $c2014
520 $aThis study aimed at imputing non(un)-genotyped sires using a stepwise imputation approach that combines identity by descent (IBD) detection methods with other imputation algorithms. We also studied the effect of using actual or imputed genotypes of non-genotyped sires in estimating genomic relationships. Simulations and real data were used for the analysis. Fifty sire families were simulated and 23 sire families were derived from 995 Brazilian Nellore cattle genotyped with Illumina® Bovine HD (777,962 SNPs) SNP Chip. Un-genotyped sires were imputed using genotype information from progeny (5 or 10); progeny and grand offspring; a combination of progeny, mates of genotyped progeny and grand offspring; and the entire genotyped population. Stepwise imputation was done with an IBD detection method that uses simple inheritance rules (MERLIN) as a first step and subsequently with FImpute, MaCH or BEAGLE as the second step to infer genotypes that were not imputed unambiguously by MERLIN. The stepwise imputation procedure was compared to an approach that ignores the first step (MERLIN) but uses only prior pedigree information to impute non-genotyped animals. Imputation accuracy was assessed as percent of correctly called genotypes and the correlation between imputed and actual genotypes (in brackets). With real data, imputation accuracy ranged from 81.6% (0.856) to 97.4% (0.981) depending on the amount of genotyped information considered for the first step (MERLIN) and imputation algorithms used for the second step. Greater accuracies of imputing non-genotyped sires were obtained when the stepwise imputation approach was used with 10 genotyped offspring as the first step. The stepwise approach resulted in an increase of 1.2% (5 offsprings) and 4.7% (10 offsprings) in imputation accuracy. MaCH was more accurate in the second step, followed by FImpute then BEAGLE. Similar trends in imputation accuracy were observed for the simulated population. Generally, imputed genotypes were successfully used to estimate genomic relationships among close relatives but considerable bias was observed for true pairwise relationships of zero. In conclusion, high imputation accuracies can be achieved for non-genotyped animals when genotype information of 5 or 10 direct progeny is available for imputation. Performing preliminary IBD analysis and using non-ambiguous genotypes from that analysis in conventional imputation increased the imputation accuracy considerably.
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700 1 $aGARCIA, J. F.
773 $tLivestock Science$gv. 166, p. 176-189, 2014.
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Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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